單細(xì)胞RNA測序

單細(xì)胞RNA測序也稱scRNA-Seq。通常而言，一般的***細(xì)胞RNA-seq實驗會產(chǎn)生1000萬個讀數(shù)，dna檢測，如果一個***的頻率超過50RPKM，即每百萬讀數(shù)中每千個堿基中超過50個，pcr引物設(shè)計，這一***即被認(rèn)為有表達(dá)。泊松分布下，1kb長的***有超過500個讀數(shù)和4%的小變異系數(shù)，即CV值；哺乳動物細(xì)胞通產(chǎn)含有200，000個mRNA，因此至少要用50個單細(xì)胞一起才能到達(dá)小CV值；考慮到逆轉(zhuǎn)錄的效率和環(huán)境干擾等因素，為得到準(zhǔn)確的表達(dá)和細(xì)胞種類的識別，需要使用的細(xì)胞數(shù)量實際要更多。

3、參數(shù)設(shè)置

使用488nm激發(fā)波長，525nm發(fā)射波長，實時或逐時間點檢測刺激前后熒光的強(qiáng)弱。DCF的熒光光譜和FITC非常相似，可以用FITC的參數(shù)設(shè)置檢測DCF。DCF的激發(fā)光譜和發(fā)射光譜參考下圖。

4、其它說明

陽性對照可以按照1：1000的比例使用。例如裝載好探針的細(xì)胞共1毫升，可以加入1微升的陽性對照刺激。通常刺激后20-30分鐘內(nèi)可以觀察到非常顯著的活性氧水平升高。對于不同的細(xì)胞，活性氧陽性對照的效果可能有較大的差別。如果在刺激后30分鐘內(nèi)觀察不到活性氧的升高，可以適當(dāng)提高活性氧陽性對照的濃度。如果活性氧升高得過快，可以適當(dāng)降低活性氧陽性對照的濃度。

另外，對于某些細(xì)胞，如果發(fā)現(xiàn)沒有刺激的陰性對照細(xì)胞熒光也比較強(qiáng)，可以按照1：2000-1：5000稀釋DCFH-DA，pcr，使裝載探針時DCFH-DA的濃度為2-5微摩爾/升。探針裝載的時間也可以根據(jù)情況在15-60分鐘內(nèi)適當(dāng)進(jìn)行調(diào)整。

甲l基化特異性的PCR

Herman 等（ 1996 ）在使用重亞***鹽處理的基礎(chǔ)上新建的一種方法。該方法敏***高，主要用于作定性研究。用亞***氫鹽處理***組DNA，所有未發(fā)生jia基化的胞嘧定被轉(zhuǎn)化為尿嘧ding，而jia基化的胞嘧定不變；隨后設(shè)計針對jia基化和非jia基化序列的引物進(jìn)行PCR。通過電泳檢測MSP擴(kuò)增產(chǎn)物，如果用針對處理后jia基化DNA鏈的引物能得到擴(kuò)增片段，則說明該位點存在jia基化；反之，說明被檢測的位點不存在jia基化。

特點：適用范圍廣，能夠檢測特異位點是否發(fā)生jia基化。

亞***氫鹽測序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）

亞***氫鹽修飾后測序法（ BSP ） Frommer 等（ 1992 ）提出的研究 DNA jia基化方法，此方法可靠性及jing確度高，能明確目的片段中每一個 CpG 位點的jia基化狀態(tài)。用亞***氫鹽處理***組DNA，PCR，所有未發(fā)生jia基化的胞嘧ding被轉(zhuǎn)化為尿嘧ding，而jia基化的胞嘧ding不變。隨后設(shè)計BSP引物進(jìn)行PCR，在擴(kuò)增過程中尿嘧定全部轉(zhuǎn)化為胸腺嘧定，***后對PCR產(chǎn)物進(jìn)行測序就可以判斷CpG位點是否發(fā)生jia基化，稱為BSP-直接測序法。將PCR產(chǎn)物克long至載體后進(jìn)行測序，可以提高測序成功率，這種方法稱為BSP-ke隆測序法。

特點：jing確度高，能夠準(zhǔn)確檢測出jia基化的程度百分比。