生物***樣品在做透射電鏡觀察時，基本上都是將原始樣品以環(huán)氧樹脂包埋，然后用非常精密的超薄切片機切成薄片，刀具為的玻璃刀或者是鉆石刀。切下的生物***樣品的厚度通常只有幾十個納米（nm），這在一般情況下用肉眼是不能直接看到的，必須讓切片飄浮在水面上，由操作熟練的技術人員借助特殊的照明光線，并以特殊的角 度才能觀察到如此薄的切片。切好的薄片被撈放在銅網(wǎng)上，經(jīng)過染色和干燥后才能用于觀察.透射電鏡樣品的制作是一個漫長、復雜而又精密的過程，技術性非常強。但是我們前面介紹過，要想獲得優(yōu)良的電鏡影像，制做優(yōu)良的樣品標本乃是非常重要的步。
電子束穿過樣品時會攜帶有樣品的信息，TEM的成像設備使用這些信息來成像。投射透鏡將處于正確位置的電子波分布投射在觀察系統(tǒng)上。觀察到的圖像強度，I，在假定成像設備質(zhì)量很高的情況下，近似的與電子波函數(shù)的時間平均幅度成正比。若將從樣品射出的電子波函數(shù)表示為Ψ，則不同的成像方法試圖通過修改樣品射出的電子束的波函數(shù)來得到與樣品相關的信息。根據(jù)前面的等式，可以推出觀察到的圖像強度依賴于電子波的幅度，同時也依賴于電子波的相位。雖然在電子波幅度較低的時候相位的影響可以忽略不計，但是相位信息仍然非常重要。
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